O Programa de Escolas Cívico-Militares começou a ser estruturado no primeiro semestre de 2019, a partir da criação da Subsecretaria de Fomento às Escolas Cívico-Militares que é responsável por propor, desenvolver e implantar um modelo de escola de alto nível como projeto nacional, com base nos padrões de ensino e modelos pedagógicos empregados nos colégios militares.